A transparência é um dos pilares do trabalho e compromisso da FAS. As atividades financeiras dos projetos são registradas e processadas com uso de sistemas internos em constante desenvolvimento. As demonstrações financeiras são analisadas semestralmente pelos auditores independentes da PricewaterhouseCoopers (PwC) Brasil.
A auditoria independente tem como objetivo expressar uma opinião sobre as demonstrações financeiras da FAS de acordo com normas brasileiras e internacionais relacionadas a entidades de terceiro setor.
Os resultados da auditoria da PwC Brasil são analisados pelo Conselho Fiscal da instituição. Após a aprovação dessa instância, cabe ao conselho de administração a aprovação do relatório da execução financeira e orçamentária da Fundação. Com a aprovação interna, a prestação de contas é submetida ao Ministério Público Estadual (MPE-AM), a quem legalmente compete a fiscalização das atividades de entidades não governamentais como a FAS.