O Programa de Empoderamento tem por objetivo fortalecer as organizações sociais de base comunitária, estimulando a consolidação das atuais lideranças e a formação de futuras lideranças ribeirinhas especialmente mulheres e jovens em Unidades de Conservação (UC). As iniciativas de empoderamento realizadas estão pautadas na qualificação de capital humano, com formação político-cidadã de grupos sociais, nela incluído capacitação de diretores e lideranças populares, promovendo a participação social e o fortalecimento do protagonismo dos moradores na reivindicação dos direitos e da cidadania.
A partir da parceria com as associações-mãe, que representam democraticamente os moradores das 16 Unidades de Conservação, são efetuados investimentos para capacitação de diretorias, fortalecimento institucional e apoio à infraestrutura (sedes, computadores, botes para transporte etc), além de apoio operacional (gasolina, alimentação etc).