A FAS iniciou em 2010 a construção de Núcleos de Conservação e Sustentabilidade (NCS’s), localizados em comunidades de Unidades de Conservação onde atua. Os 9 Núcleos tem como objetivo promover a educação para a sustentabilidade em áreas remotas, além de apoiar o poder público a levar soluções em educação, saúde e cidadania adaptadas à realidade das comunidades ribeirinhas do Amazonas.
Os NCS’s são espaços formados por salas de aula, refeitório, biblioteca, alojamento para alunos e professores, laboratório de informática e unidades de produção agroecológica, que compõem o modelo de Escolas FAS. Em parceria com a Secretaria de Estado de Educação (Seduc), Secretarias Municipais de Educação (Semed), Universidades, empresas privadas, organizações não-governamentais e órgãos internacionais, os núcleos garantem educação relevante, em modos formal, complementar e profissionalizante, para mais de 700 estudantes do 5º ao 9º ano do ensino fundamental, 1º ao 3º ano do nível médio, Educação de Jovens e Adultos (EJA) e do curso superior em Pedagogia do Campo.