Promover o direito à educação, saúde e cidadania em comunidades ribeirinhas é um dos objetivos estratégicos da FAS para o alcance do desenvolvimento sustentável na Amazônia. Por isso, desde 2012 a Fundação estabeleceu o Programa Educação, Saúde e Cidadania (PES), que implementa um conjunto de projetos e iniciativas para promover o acesso à educação relevante, aos direitos, à arte e cultura, à formação profissionalizante e atenção básica de saúde nas Unidades de Conservação onde atua.

O programa tem como parceiros instituidores e mantenedores a Samsung Brasil e o Bradesco, e conta também com o apoio de diversas empresas privadas e instituições governamentais e não-governamentais, além de organismos internacionais. Os projetos e ações do PES estão voltadas ao desenvolvimento de soluções e políticas públicas direcionadas à atenção integral da primeira infância da criança ribeirinha, à mobilização para o acesso a direitos de adolescentes e jovens, a educação básica, complementar e profissionalizante em áreas remotas e ao desenvolvimento de modelos de saúde voltados para a realidade amazônica, alinhadas com os Objetivos do Desenvolvimento Sustentável.