O projeto Práticas Agroecológicas tem como objetivo ensinar e incentivar o plantio de hortaliças, plantas medicinais, plantas ornamentais e a criação de peixes e aves nos 09 Núcleos de Conservação e Sustentabilidade. Com o projeto, Núcleos e escolas nas comunidades vem sendo parcialmente abastecidos com alimentos produzidos in loco.
Toda a produção, plantio e colheita é realizada pelos próprios alunos com o auxílio dos gestores responsáveis. O projeto Práticas Agroecológicas acontece no NCS Agnello Bittencourt (RDS do Rio Negro), NCS Assy Manana (APA do Rio Negro), NCS Márcio Ayres (RDS Mamirauá), NCS Uatumã (RDS Uatumã) e NCSs Samuel Benchimol e Victor Civita (RDS do Juma). O projeto recebe apoio financeiro da Samsung e existe desde 2017.