Em 2018 a FAS criou a Agenda Indígena, resultado de diálogos com diversas instituições e lideranças indígenas locais ao longo da sua existência. O marco de criação ocorreu durante o diálogo “La Amazônia que Queremos”, promovido pela Rede de Soluções para o Desenvolvimento Sustentável da Amazônia (SDSN-Amazônia) e FAS, em parceria com o Programa das Nações Unidas para o Desenvolvimento (PNUD) e com instituições indígenas da Amazônia peruana como ECA Amarakaeri, Federação Nativa do Rio Madre de Deus (Fenamad), Associação Nacional de Empresas Concessionárias de Serviço Público de Áreas Portuárias (Anecap), Associação Interétnica para o Desenvolvimento da Floresta Tropical Peruana (Aidesep) e da Amazônia brasileira, Coiab.
Os eixos prioritários da agenda são saúde, educação, gênero e geracional, produção sustentável e mudanças climáticas. As ações estão baseadas na Teoria da Mudança da FAS, que numa perspectiva adaptada às especificidades amazônicas, trabalha com a conservação da floresta em pé e a melhoria da qualidade de vida de ribeirinhos.
A Agenda propõe-se a ampliar o escopo de sua atuação com povos indígenas que vivem em comunidades e Terras Indígenas (TI), além de fortalecer as ações com os povos que vivem nas 16 Unidades de Conservação (UC) onde a FAS já atua, implementando programas e projetos relacionados aos Planos de Vida Plena e Bem Viver dos Povos Indígenas da Bacia Amazônica.
No âmbito dos projetos já desenvolvidos pela FAS, destacamos a Arquearia Indígena, Canoagem Indígena, Empreendedorismo Indígena com Mulheres e Jovens, e Saúde Indígena.
